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前言

第1章 系統發生學概論

1.1 系統發生與系統發生學

1.2 系統發生關系的含義

1.2.1 表征關系

1.2.2 分支關系

1.2.3 遺傳關系

1.2.4 系統發生關系

1.2.5 年代關系

1.2.6 地理分布關系

1.3 分子系統發生分析的原理和假設

1.3.1 分子系統發生分析的原理

1.3.2 分子系統發生分析的假設

1.3.3 分子數據的優點

1.4 分子系統發生學的方法論

1.5 分子系統發生學的發展歷史

1.6 系統發生分析的策略與步驟

1.7 分子系統發生學的文獻資源

1.7.1 分子系統發生學期刊

1.7.2 分子系統發生學領域主要專著和教科書

1.8 分子系統發生學的成就和問題

第2章 系統發生分析基礎

2.1 分子進化基礎

2.1.1 分子進化的動力

2.1.2 分子進化的中性理論

2.1.3 溯祖理論

2.2 系統發生分析的分類學基礎

2.2.1 系統發生與分類學的關系

2.2.2 分類階元的系統發生意義

2.3 性狀和性狀分析方法

2.3.1 性狀的分類

2.3.2 關于性狀的基本假設

2.3.3 性狀進化分析方法

2.3.4 性狀的加權

2.3.5 性狀的同源

2.3.6 性狀的同型

2.4 系統發生分析的數學基礎

2.5 系統發生分析的統計學基礎

2.5.1 概率分布

2.5.2 系統發生的統計學檢驗

2.5.3 零假設與零模型

2.5.4 常用檢驗方法

2.5.5 數據及其在系統發生中的應用

2.6 理論系統發生學

2.7 模擬系統發生研究

2.7.1 系統樹的模擬

2.7.2 序列的模擬

2.7.3 系統發生模擬研究的優勢

2.8 系統發生分析的算法

2.8.1 算法

2.8.2 啟發式算法

第3章 系統樹

3.1 系統樹的概念和含義

3.2 系統樹的要素

3.2.1 系統樹的拓撲結構

3.2.2 系統樹的節點

3.2.3 系統樹的分枝和分枝長度

3.3 演化歷史與系統樹的完整性

3.4 系統樹表達的信息

3.5 系統樹概念和表達形式的發展

3.6 系統樹的類型

3.6.1 樹狀圖與網狀圖

3.6.2 有根樹和無根樹

3.6.3 標度樹與未標度樹

3.6.4 基因樹和物種樹

3.6.5 基礎樹和合一樹、源樹和超樹

3.6.6 期望樹與實際樹

3.6.7 普適生命樹與樹

3.6.8 二歧樹和多歧樹

3.6.9 系統樹的表示形式

3.7 系統樹的數學描述

3.7.1 系統樹各部位的名稱

3.7.2 二分樹及其表示方式

3.7.3 二歧樹的性質

……

第4章 系統發生信息學

第5章 數據集準備與序列比對

第6章 數據集系統發生信號評估

第7章 進化模型及其選擇

第8章 距離矩陣方法

第9章 簡約法

第10章 似然法

第11章 貝葉斯系統發生推論法

第12章 系統發生網絡、超樹和無比對方法

第13章 系統發生假設檢驗

第14章 系統發生分析的性與影響因素

第15章 不同類型數據的分析策略

第16章 復雜數據和困難系統發生的分析策略與方法

第17章 多源數據集分析策略和方法

第18章 系統樹的可視化、注釋與應用

參考文獻

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