辛亥革命期刊對(duì)科學(xué)分類問(wèn)題的探究非常深入，科學(xué)的外延上幾乎涵蓋自然科學(xué)、社會(huì)科學(xué)與人文科學(xué)層面，并且較為地把握科學(xué)的本真意義。這種理性認(rèn)識(shí)也反映在辛亥報(bào)人對(duì)一些學(xué)科門(mén)類的科學(xué)分類上，包括動(dòng)植物學(xué)、心理學(xué)、衛(wèi)生學(xué)、論理學(xué)(邏輯學(xué))、人種學(xué)、歷史學(xué)、地理學(xué)等專門(mén)學(xué)科的分類。其中，杜亞泉對(duì)動(dòng)物學(xué)與植物學(xué)的科學(xué)分類最為重要。《普通學(xué)報(bào)》上特設(shè)《博物學(xué)科》欄目，先后刊發(fā)了《礦物學(xué)分類之異同》《植物學(xué)分類法》《動(dòng)物學(xué)分類法》《植物分類學(xué)》等文章。
首先，杜亞泉把植物分為隱花植物(不生花植物)與顯花植物(生花植物)兩類。隱花植物又包括菌藻植物、苔植物、蕨植物三門(mén);而顯花植物分為裸子植物與被子植物兩類，其中被子植物包括單子葉植物、雙子葉植物兩類。單子葉植物又分為蘇鐵植物與石松植物兩門(mén)。
其次，杜亞泉將動(dòng)物分成“有放射的構(gòu)造之動(dòng)物”“左右相稱、體不由節(jié)成之動(dòng)物”與“左右相稱、體由節(jié)成之動(dòng)物”三部分，再區(qū)分為八門(mén)二十三綱。其中“有放射的構(gòu)造之動(dòng)物”分為腔腸類與棘皮類兩門(mén)，而腔腸類又分為海月類、珊瑚類兩綱，棘皮類則分為海膽類、人手類與海鼠類三綱。“左右相稱、體不由節(jié)成之動(dòng)物”則劃分為扁蟲(chóng)類(包括渦蟲(chóng)類、吸蟲(chóng)類與條蟲(chóng)類)、圓蟲(chóng)類(綿蟲(chóng)類)與軟體類(分為雙殼類、腹足類與頭足類)三門(mén)。“左右相稱、體由節(jié)成之動(dòng)物”分為環(huán)蟲(chóng)類(包括毛足類與蛭類)、節(jié)足類(包括甲殼類、蜘蛛類與多足類)、脊椎動(dòng)物(魚(yú)類、兩棲類、爬行類、鳥(niǎo)類與哺乳類)三門(mén)。他還列舉了各類所屬的一些動(dòng)物名稱予以說(shuō)明。杜亞泉的動(dòng)植物分類法基本上按照部、類(或門(mén))、科的順序劃分，盡管與今天的分類法有些差異，但在科學(xué)洪荒時(shí)代的近代中國(guó)是非常有意義的。
心理學(xué)的科學(xué)分類，《新民叢報(bào)》闡述最為詳盡。內(nèi)明將心理學(xué)劃分為普通心理學(xué)、特殊心理學(xué)、實(shí)驗(yàn)心理學(xué)與生理的心理學(xué)四大類。其中生理的心理學(xué)又叫精神生理學(xué)，而特殊心理學(xué)又分為比較心理學(xué)、兒童心理學(xué)、民族心理學(xué)等學(xué)科門(mén)類。它們各自研究對(duì)象不同，普通心理學(xué)是研究成人心理的科學(xué)，比較心理學(xué)是研究動(dòng)物心理的科學(xué)。但湯祖武的分類法不同，他把心理學(xué)定義為一門(mén)“研究意識(shí)現(xiàn)象(即心的現(xiàn)象)之科學(xué)”，主張將心理學(xué)分為比較心理學(xué)、物理心理學(xué)、病的心理學(xué)、兒童心理學(xué)、民族心理學(xué)、生理的心理學(xué)與經(jīng)驗(yàn)心理學(xué)等七類，其中比較心理學(xué)又稱動(dòng)物心理學(xué)，物理心理學(xué)又叫精神心理學(xué)，經(jīng)驗(yàn)心理學(xué)又名普通心理學(xué)。
關(guān)于衛(wèi)生學(xué)與邏輯學(xué)的分類，普澄認(rèn)為衛(wèi)生學(xué)是一門(mén)“集合各科學(xué)(即專門(mén)學(xué)而言)而成”的科學(xué)，但不隸屬于醫(yī)學(xué)。衛(wèi)生有狹義與廣義、直接與間接之分。衛(wèi)生學(xué)與其他科學(xué)關(guān)系密切，生理學(xué)是基礎(chǔ)，與之相關(guān)的生物學(xué)、化學(xué)、氣候?qū)W、心理學(xué)、醫(yī)學(xué)等學(xué)科關(guān)系個(gè)人衛(wèi)生，重學(xué)理。而相關(guān)的建筑學(xué)、行政學(xué)、財(cái)政學(xué)、社會(huì)學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)等學(xué)科事關(guān)公眾衛(wèi)生，重方法。衛(wèi)生學(xué)分為個(gè)人衛(wèi)生學(xué)與公共衛(wèi)生學(xué)兩類。個(gè)人衛(wèi)生學(xué)分為尋常衛(wèi)生學(xué)與特別衛(wèi)生學(xué)。特別衛(wèi)生學(xué)又分為婦女衛(wèi)生學(xué)、小兒衛(wèi)生學(xué)、職業(yè)衛(wèi)生學(xué)。公共衛(wèi)生學(xué)分國(guó)家衛(wèi)學(xué)、團(tuán)體衛(wèi)生學(xué)兩類。國(guó)家衛(wèi)生學(xué)又分國(guó)內(nèi)衛(wèi)生學(xué)、國(guó)際衛(wèi)生學(xué)。團(tuán)體衛(wèi)生學(xué)分家庭衛(wèi)生學(xué)、學(xué)校衛(wèi)生學(xué)、軍陣衛(wèi)生學(xué)、旅客衛(wèi)生學(xué)、工廠衛(wèi)生學(xué)等五類。歐陽(yáng)啟勛認(rèn)為，論理學(xué)(邏輯學(xué))是一門(mén)科學(xué)的科學(xué)(ScienceofScience)，專門(mén)研究思考之法則
(LawofThought)，即“研究思考之形式上之法則之科學(xué)也”。既可分為“純粹的論理學(xué)”與“應(yīng)用的論理學(xué)”，又可分為“歸納的論理學(xué)”與“演繹的論理學(xué)”。東方論理學(xué)只有印度的因明學(xué)，類似于西方形式論理學(xué)中的“三段論法”。我國(guó)的諸子百家中的名家只是論理學(xué)的分支，而非本源。
在其他科學(xué)分類方面，劉成禺認(rèn)為人種學(xué)關(guān)系“人類進(jìn)步之記錄、社會(huì)之發(fā)育學(xué)”，是一門(mén)“自然的實(shí)驗(yàn)的人種科學(xué)(或人類科學(xué))”。人種有宗派區(qū)分，可分為白色、黃色、棕色、黑色等四類人種。西方歷史學(xué)有種族史、世界史、國(guó)別史、時(shí)代史、社會(huì)史之分。他甚至還明確肯定歷史學(xué)的科學(xué)地位，“歷史科，尋常所謂普通科也，然固為獨(dú)立之一科學(xué)。”并區(qū)別于經(jīng)濟(jì)學(xué)、法學(xué)與政治學(xué)。而且地理學(xué)也是一門(mén)“獨(dú)立的科學(xué)”，并闡明地理學(xué)與物理學(xué)、氣象學(xué)、地質(zhì)學(xué)、博物學(xué)等相關(guān)學(xué)科的關(guān)系，將地理學(xué)劃分為數(shù)理地理學(xué)、自然地理學(xué)、政治地理學(xué)三類，相對(duì)應(yīng)于天文地理學(xué)、地文地理學(xué)與人文地理學(xué)三類。
辛亥革命期間，有的期刊還涉及醫(yī)學(xué)、化學(xué)、物理學(xué)、教育學(xué)等學(xué)科的科學(xué)分類，并對(duì)各個(gè)學(xué)科之間的聯(lián)系進(jìn)行不同層面的探討，甚至還涉及一些學(xué)科的根本問(wèn)題的深層探究。譬如，《新民叢報(bào)》就對(duì)心理學(xué)、醫(yī)學(xué)、教育學(xué)等學(xué)科是不是科學(xué)進(jìn)行過(guò)詳盡地闡述。從某種意義而言，如果沒(méi)有20世紀(jì)初這種理性探討，那么這些學(xué)科自身的科學(xué)定位也就難以解決，這些學(xué)科的社會(huì)認(rèn)可與發(fā)展也就成了問(wèn)題。
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