學術期刊與新媒體的融合，不僅給學術期刊的發展帶來機遇，而且具有挑戰。在探索中也遇到了一些問題。
1編輯人才
在現有辦刊體制下，編輯部的編輯數量是根據紙版期刊按時保質出版核定的，如今要面對媒體融合轉型，短時間沒有經濟效益這一局面時，編輯部難以擴充人員隊伍。在此情況下，勢必要對現有編輯提出更高要求:編輯不僅需要了解刊登的文章的內容，而且要從中找到讀者除了文字內容最想看到的內容是什么，并且要與作者溝通什么樣的附加信息才更能充分展示研究成果。在獲取附加信息后，還要思考如何用讀者比較喜歡的文字和形式將刊登的文章推廣，并且能夠在較大范圍傳播。新媒體部目前雖然有4人，但都是從原有紙版出版人員中根據個人興趣選定的，并沒有經過系統的培訓，在內容創作上與專業媒體人有很大差距，在運營上也基本沒有經驗，只能摸著石頭過河，不斷嘗試。
2傳播環境
與大眾類媒體不同，我們的讀者定位是各個領域的工作者。在1年多的探索過程中，也獲得了很多有價值的學術信息，如何能讓這些信息快速傳播得更廣，是我們一直在思考的問題。我們最初的想法是:通過作者、審稿專家來傳播，這是最能直接達到傳播效果的辦法;但是，實際操作中作者對這種方式的接受度不一致，一般30～40歲的作者容易接受這樣通過社交平臺宣傳自己研究成果的方式，而50歲以上的作者則不太接受。
3技術和資金
支持媒體融合所涉及的技術相當龐雜，比如視頻剪輯技術、數字出版技術、網站搭建技術、檢索技術、數據庫技術等。單單依靠學術期刊編輯部的力量難以支撐，只能依靠技術提供商;但是，目前像瑪格泰克、勤云、中國知網等幾家比較大的技術提供商只是專注大多數學術期刊的需求，而不能與在媒體融合方面契合。這樣，就需要期刊根據自身的需求與技術提供商合作，將期刊的優勢與提供商的技術優勢合并來完成程序的單獨開發，這就需要大量的資金支持。在目前情況下，只能將與新媒體融合分階段來做。
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