李霞、雷健波主編的這本《生物信息學(xué)(第2版) 》教材仍堅持“三基”、“五性”原則，并力求在內(nèi) 容和形式上有所創(chuàng)新。使教材具備相對系統(tǒng)、的 生物信息學(xué)知識體系；突出實用性，以臨床實際問題 作為編寫出發(fā)點；簡化算法流程，突出應(yīng)用軟件和網(wǎng) 絡(luò)資源；貼合前沿技術(shù)、方法，增加國內(nèi)外研究熱點 知識；主要培養(yǎng)長學(xué)制學(xué)生運用生物信息學(xué)方法解決 臨床問題、進(jìn)行科研設(shè)計的能力。
《生物信息學(xué)(第2版)》精簡基礎(chǔ)內(nèi)容，合并上 一版內(nèi)容相近或有較大關(guān)聯(lián)的章節(jié)；結(jié)合實際應(yīng)用， 增加前沿新知識、新技術(shù)章節(jié)。全書共分為三篇十五 章。篇生物信息學(xué)基礎(chǔ)，含DNA、RNA和蛋白質(zhì)序 列信息資源、序列比對、序列特征分析、分子進(jìn)化分 析、基因芯片數(shù)據(jù)分析五章，均系生物醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域 發(fā)展過程中形成的基礎(chǔ)生物信息數(shù)據(jù)及分析方法，合 并版“雙序列比對”、“多序列比對”兩章為“ 序列比對”，合并“序列特征分析”、“表達(dá)序列分 析”兩章為“序列特征分析”；第二篇功能基因組信 息學(xué)，含蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析、基因注釋與功 能分類、轉(zhuǎn)錄調(diào)控的信息學(xué)分析、生物分子網(wǎng)絡(luò)與通 路和計算表觀遺傳學(xué)五章，均系功能基因組研究中頗 具特色的生物信息學(xué)方法，合并版“蛋白質(zhì)分析 與蛋白質(zhì)組學(xué)”、“蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析”兩章為“蛋白 質(zhì)組與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析”；第三篇生物信息學(xué)與人類 復(fù)雜疾病，含復(fù)雜疾病的分子特征與計算分析、非編 碼RNA與復(fù)雜疾病、新一代測序技術(shù)與復(fù)雜疾病、藥 物生物信息學(xué)、生物信息學(xué)相關(guān)學(xué)科進(jìn)展五章，均系 近年發(fā)展起來的與復(fù)雜疾病有關(guān)的重要生物信息學(xué)方 法，新增非編碼RNA與復(fù)雜疾病的生物信息學(xué)研究、 新一代測序、“組學(xué)”研究等前沿?zé)狳c。
李霞，博士、教授、博士研究生導(dǎo)師，哈爾濱醫(yī)科大學(xué)生物信息科學(xué)與技術(shù)學(xué)院院長，龍江學(xué)者特聘教授，北京“百千萬人才工程”入選者，享受國務(wù)院特殊津貼。從事生物信息學(xué)、計算系統(tǒng)生物學(xué)等本科、研究生教學(xué)工作30余年，主持創(chuàng)建的我國經(jīng)驗豐富生物信息學(xué)人才培養(yǎng)和教育教學(xué)體系成為全國生物信息學(xué)教育模板，培養(yǎng)了大批既具有扎實生物醫(yī)藥知識，又具有很強(qiáng)理工科學(xué)思維和實踐能力的現(xiàn)代緊缺人才，為推動我國生物醫(yī)學(xué)教育和科技發(fā)展做出了突出貢獻(xiàn)，先后獲得黑龍江省教學(xué)名師、中青年專家、科技工作者、共產(chǎn)黨員等榮譽(yù)稱號。
李霞教授是我國重大疾病生物信息學(xué)與計算系統(tǒng)生物學(xué)研究的開創(chuàng)者之一，在復(fù)雜疾病治療靶標(biāo)與風(fēng)險標(biāo)志物篩選、重大疾病通路重構(gòu)與子網(wǎng)識別、非編碼基因(RNA)介導(dǎo)的疾病發(fā)生機(jī)理研究、新一代測序技術(shù)與復(fù)雜疾病分析、面向轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)的重大疾病分析平臺構(gòu)建等領(lǐng)域做出了開創(chuàng)性的研究工作，科研成果處于國內(nèi)前列。主持國家863課題、973課題、國家自然科學(xué)基金重大研究計劃等課題15項，于國際著名學(xué)術(shù)期刊發(fā)表高水平SCI論文130余篇，榮獲中華醫(yī)學(xué)科技獎、黑龍江省政府科技獎、中國女醫(yī)師協(xié)會基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)科技獎等科研獎勵20余項。
雷健波，美國生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士。華西醫(yī)科大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)畢業(yè)，原北京協(xié)和醫(yī)院臨床醫(yī)生，獲美國哥倫比亞大學(xué)工程學(xué)院計算機(jī)碩士(M.S)和醫(yī)學(xué)院生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)碩士(M.A.)，美國德州大學(xué)醫(yī)學(xué)部生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)博士(PhD)，現(xiàn)任北京大學(xué)醫(yī)學(xué)信息學(xué)中心副教授，碩士生導(dǎo)師。
獨特的國內(nèi)外跨學(xué)科(臨床，計算機(jī)，醫(yī)學(xué)信息學(xué))的學(xué)習(xí)、研究和工作背景，主持過國內(nèi)新一代電子病歷(EMR)，醫(yī)院信息系統(tǒng)(HIS)，臨床路徑(CP)的開發(fā)，以及用于新藥創(chuàng)制的臨床和標(biāo)本資源庫的建設(shè)等。2010年4月以人才引進(jìn)到北京大學(xué)，創(chuàng)立北京大學(xué)醫(yī)學(xué)信息學(xué)中心，任代主任，常務(wù)副主任，負(fù)責(zé)創(chuàng)建新學(xué)科“醫(yī)學(xué)信息學(xué)”。主要的研究領(lǐng)域包括：電子病歷系統(tǒng)和個人健康檔案、臨床決策支持、醫(yī)學(xué)自然語言處理、移動醫(yī)療、健康信息搜索和消費者健康信息學(xué)、移動醫(yī)療、醫(yī)療衛(wèi)生大數(shù)據(jù)、醫(yī)療信息系統(tǒng)易用性等。
現(xiàn)任歐美同學(xué)會留美分會副會長，中國衛(wèi)生信息學(xué)會衛(wèi)生信息學(xué)教育專業(yè)委員會副主委，全國高等醫(yī)藥教材建設(shè)研究會“十二五”規(guī)劃本科教材《衛(wèi)生信息學(xué)概論》主編等。
緒論
及時節(jié) 生物信息學(xué)的興起
第二節(jié) 生物信息學(xué)的內(nèi)涵及其在生命科學(xué)中的應(yīng)用
一、生物信息學(xué)的內(nèi)涵
二、生物信息學(xué)在現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用
第三節(jié) 大數(shù)據(jù)時代的生物信息學(xué)與醫(yī)學(xué)
一、人類基因組計劃
二、組學(xué)與生物信息學(xué)
三、大數(shù)據(jù)時代的生物信息學(xué)與醫(yī)學(xué)
及時篇 生物信息學(xué)基礎(chǔ)
及時章 生物序列資源
及時節(jié) 引言
第二節(jié) NCBI數(shù)據(jù)庫與數(shù)據(jù)資源
一、NCBI序列數(shù)據(jù)庫概述
二、NCBI中的重要子庫介紹
第三節(jié) UCSC基因組瀏覽器與數(shù)據(jù)資源
一、UCSC概述
二、UCSC基因組瀏覽器
三、UCSC中的數(shù)據(jù)資源和常用工具
第四節(jié) EMBL-EBI數(shù)據(jù)庫與數(shù)據(jù)資源
一、EMBL-EBI數(shù)據(jù)庫概況
二、EMBL基因組和核酸序列資源
三、UniProt蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)資源
四、Biomart數(shù)據(jù)檢索平臺
第五節(jié) 重要的非編碼基因數(shù)據(jù)庫
一、ENCODE數(shù)據(jù)庫與數(shù)據(jù)資源
二、microRNA數(shù)據(jù)資源miRBase
小結(jié)
第二章 序列比對
及時節(jié) 引言
一、同源、相似與距離
二、相似與距離的定量描述
三、算法實現(xiàn)的比對
四、序列比對的作用
第二節(jié) 比對算法概要
一、替換計分矩陣
二、雙序列全局比對
三、雙序列局部比對
四、多序列全局比對
五、多序列局部比對
六、比對的統(tǒng)計顯著性
第三節(jié) 數(shù)據(jù)庫搜索
一、經(jīng)典BLAST
二、衍生BLAST
三、BLAT
四、RNA序列搜索
五、數(shù)據(jù)庫搜索的統(tǒng)計顯著性
第四節(jié) 比對軟件、參數(shù)與數(shù)據(jù)資源
一、參數(shù)選擇的一般原則
二、主要比對軟件
三、EBI中的序列比對工具
四、UCSC中的BLAT比對工具
第五節(jié) 比對技術(shù)的發(fā)展
—、glocal比對
二、全基因組比對
小結(jié)
……
第三章 序列特征分析
第四章 分子進(jìn)化分析
第五章 基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析
第二篇 功能基因組信息學(xué)
第六章 蛋白質(zhì)組與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分析
第七章 基因注釋與功能分類
第八章 轉(zhuǎn)錄調(diào)控的信息學(xué)分析
第九章 生物分子網(wǎng)絡(luò)與通路
第十章 計算表觀遺傳學(xué)
第三篇 生物信息學(xué)與人類復(fù)雜疾病
第十一章 復(fù)雜疾病的分子特征與計算分析
第十二章 非編碼RNA與復(fù)雜疾病
第十三章 新一代測序技術(shù)與復(fù)雜疾病
第十四章 藥物生物信息學(xué)
第十五章 生物信息學(xué)相關(guān)學(xué)科進(jìn)展
中英文名詞對照索引
英中文名詞對照索引
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